Trong đời sống riêng tư, người ta cũng phải ngạc nhiên về sức cường tráng của ông. Có một bài thuốc bổ dương mang tên Minh Mạng thang được quan Thái y căn cứ vào thể chất và sinh hoạt của ông để lập ra thang thuốc rượu.

Ông không lập hoàng hậu, mà chỉ cao nhất là ngôi phi. Tá Thiên Nhân hoàng hậu (tước vị được phong sau khi mất), húy là Hồ Thị Hoa, sinh 1791. Bà qua đời năm 1807, 13 ngày sau khi sinh hạ Hoàng tử trưởng Nguyễn Phúc Miên Tông (tức vua Thiệu Trị sau này). Lăng của bà hiệu là Hiếu Đông Lăng, phía tả lăng Thiệu Trị, tại làng Cư Chánh, huyện Hương Thủy, tỉnh Thừa Thiên. Hai vương phi được sủng ái nhất là Hiền phi Ngô Thị Chính, con của Chưởng cơ Ngô Văn Sở và Lệ tần Nguyễn Thị Thúy Trúc, con của Vệ úy Nguyễn Gia Quý. Hiền phi Ngô thị sinh được 4 hoàng tử và 2 công chúa; Lệ tần Nguyễn Gia thị sinh được 7 hoàng tử và 3 công chúa. Hai bà này thường xung đột với nhau. Bà Ngô Thị Chính thường sinh sự với các bà khác vì cậy được vua yêu, khiến Minh Mạng nhiều khi lâm vào cảnh khó xử. Tương truyền bà Hiền phi thường nói những người thân cận rằng dù vua có yêu mình cỡ nào thì khi chết cũng chỉ có hai bàn tay không. Vua biết vậy nên khi bà mất đã thân hành đến chỗ bà nằm mà đặt vào tay 2 nén vàng, để khỏi ra đi với hai bàn tay không. Điều này cũng mâu thuẫn với gia phả họ Nguyễn Phước thì bà Hiền phi được ghi lại là mất vào năm 1843, sau vua Minh Mạng 2 năm[3].

Khi vua nghỉ ngơi có 5 bà hầu hạ: một vấn thuốc, một têm trầu, một đắm bóp, một hát ru, một bà chực sẵn để khi vua dậy có điều sai bảo. Theo thường lệ, mỗi đêm vua cho triệu 5 bà vào hầu, mỗi canh một bà.

Sách Minh Mạng chính yếu chép: Năm Minh Mạng thứ 6 (1826), mùa Xuân, tháng giêng, trong Kinh Kỳ ít mưa, nhà vua lấy làm lo, chỉ dụ cho quan Thượng Bảo Khanh là ông Hoàng Quỳnh rằng:

Tuy nhiên, việc Minh Mạng có hậu cung đông phi tần, mỹ nữ thêm vào đó số lượng con cháu lớn trong gia tộc họ Nguyễn đã tạo nên gánh nặng cho quốc gia và vuơng triều. Bởi các hoàng tử, hoàng nữ cần một số lượng lớn tiền của, tiêu tốn vào ngân sách đất nước, ngân khố của quốc gia, nhưng chính họ lại không thể làm gì mà chỉ đứng nhìn vuơng triều sụp đổ, rơi vào tay "bảo hộ" của thực dân Pháp, đặc biệt vào thời này tuy nhà nước có chính sách để cải cách nông nghiệp nhưng vẫn còn lạc hậu, thô sơ so với trình độ của phương Tây đang phát triển vượt bậc thế nên dân đói còn nhiều, các cuộc khởi nghĩa nông dân nổ ra liên miên đến tận thời vua Thiệu Trị và Tự Đức. Thêm vào đó, việc Minh Mạng mở rộng lãnh thổ, lập các phủ ngoài nước như Trấn Ninh đã làm hao mòn ngân sách theo thời gian. Về sau này, hậu duệ của Minh Mạng số lượng nhiều không kể xiết, làm đè nặng lên ngân sách của chính phủ vốn đã mong manh, dễ vỡ.